Cum arată un fişier Ón format PDB

59

Citozina

Un exemplu simplu este cel al citozinei dat Ón cele ce urmează

HEADER
REMARK Spartan exported Wed Feb 11 21:41:38 1998
HETATM    1  C   UNK  0001      -1.322  -0.018  -1.043
HETATM    2  N   UNK  0001      -1.317   0.091   0.329
HETATM    3  C   UNK  0001      -0.162   0.133   0.931
HETATM    4  C   UNK  0001       1.154   0.067   0.228
HETATM    5  N   UNK  0001      -0.186   0.237   2.295
HETATM    6  O   UNK  0001      -2.359  -0.054  -1.691
HETATM    7  N   UNK  0001      -0.135  -0.094  -1.723
HETATM    8  H   UNK  0001       1.945  -0.093  -1.745
HETATM    9  H   UNK  0001      -0.197  -0.151  -2.729
HETATM   10  C   UNK  0001       1.075  -0.044  -1.100
HETATM   11  H   UNK  0001       2.078   0.125   0.782
HETATM   12  H   UNK  0001       0.540  -0.254   2.801
HETATM   13  H   UNK  0001      -1.115   0.055   2.665
CONECT    1    7    6    2
CONECT    2    3    1
CONECT    3    2    4    5
CONECT    4    3   10   11
CONECT    5    3   12   13
CONECT    6    1
CONECT    7    1   10    9
CONECT    8   10
CONECT   10    7    4    8
CONECT   11    4
CONECT   12    5
CONECT   13    5
END

    Imaginea 3D a citozinei (sub forma de BMP obţinută prin export din rasmol, sau sub forma jpg prin transformarea pdb Ón VRML vizualizat cu browser capturată imaginea cu screen save importată Ón MSPaint, prelucrată şi salvată Ón format jpeg. Observaţie: formatul bmp exportat din Rasmol este de dimensiune mică Ónsă nu poate fi convertit Ón jpeg sau gif de către MSPaint) este

 

 

Fig. 2. Imagine 3D a citozinei. Fişier BMP obţinut prin export din Rasmol. 

Fig. 3. Imagine 3D a citozinei. Fişier JPEG obţinut prin transformarea PDB Ón VRML  (cu programul pdb2vrml.exe. Fişierul cu extensia WRL obţinut astfel este vizualizat cu un browser MSIE. Imaginea 2D astfel obţinută este capturată cu funcţia screen save a Windows şi importată Ón MSPaint. Prelucrată Ón MSPaint şi apoi salvată Ón format JPEG.

© Cornel Mironel Niculae, 2003-

12-Jan-2012